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西部中心计算化学和药物设计

在“西部中心“ (要么 厕所3D2,简称)是专注于计算方法,以化学和应用 生物学问题,以及更强大的计算的发展 工具来提高这些方法来制作真实世界的答案的能力。

西部中心的教师和研究活动

在这个时候,西方中心师资由从以下教职工 该 Department of Chemistry & Biochemistry 和 医药科学系 谁感兴趣的的计算方法,以化学的应用和/或 生物学问题。关于每个教员的背景更详细的信息 和研究活动,可通过下面的链接。

其他教师在各部门和大学,以及教师来自其他机构, 通常利用可用的工具在西部中心为他们的研究 与协助,或通过一个或多个西部中心教师的合作。 与其他大学的教师合作正在进行中。教师有兴趣 合作在未来的可能性,应联系西部中心主任, 博士。普雷斯顿·摩尔。

有关详细信息,如研究活动,最近的新闻,和人一样,看到了 西部中心网站.

西部中心的计算资源

高性能计算集群设有尖端CPU和GPU的处理器 和高速互连提供可供教师主计算能力 和学生在西部中心。因为西部中心成立以来,先后有 的电脑设备过几次大的升级导致指数 计算能力的增长从约一百处理器在1999年至数千 CPU核心和GPU的当前。这些升级与来自支持实现 赫尔曼O操作。西部的基础上,美国国家科学基金会(MRI补助金),工业 partners, as well as the Department of Chemistry & Biochemistry. Currently, 该 West 中心具有两个高性能计算集群设有〜1500个的CPU处理器, NVIDIA特斯拉费米的GPU,InfiniBand互联,存储器TBS和超过200TB 的存储空间,以及20-30 GPU工作站设有国家的最先进的GPU,例如 作为NVIDIA GTX 2080ti。

各种复杂的软件包是西部中心,包括提供 包括但不限于:高斯,琥珀,VMD,NAMD,LAMMPS,CPMD,cp2k教育部nwchem,HOOMD, CHARMM,建模,以及内部开发的软件如cm3d,网络模型, 塑造签名,智能。这些软件包允许各种各样的计算 项目,从复杂的生物系统如DNA蛋白结合,跨膜 离子通道,膜蛋白,小分子药物设计,计算机辅助设计 的官能foldamers,和离子液体作为绿色溶剂研究。

西部中心历史

西部中心成立,作为外围滚球在线的偶然结合的结果。 First, 博士。兰迪zauhar joined 该 Department of Chemistry & Biochemistry as an associate 教授在1998年兰迪带到部门首次在专业知识 计算化学领域。他加盟后不久,他收到了补助金 从Tripos公司聘请的博士后,博士。吉列尔莫moyna,谁只是一个不 优良的合成有机化学,但谁也非常的感兴趣计算 化学。为了方便他们的计算化学的努力,吉列尔莫 从四台老IBM的个人电脑来构建连接微处理器一起 该部门的第一个“贝奥武夫”集群。

很快这个Beowulf集群后,启动并运行,博士。爱德华·伯恩鲍姆的椅子 部门,了解到H.O.的利益西部基础研究的支持 在大学里。在他们心目中的新Beowulf集群新鲜,知道 扩展集群将大大有利于研究能力,好色,吉列尔莫 (在这一点上助理教授),和博士。伯恩鲍姆提出的提案建立 在usciences一个计算化学中心。该H.O.西基金会认可 该中心的潜力,并慷慨支持成立以来,第一次以$ 125,000 接着是$ 120,000的捐款两年后。大学很快意识到 西部中心的变革性质和我们的新的计算方向。同 从大学的额外支持,以及另外四个计算的招聘 化学家,DRS。普雷斯顿·摩尔,刘志军李,刘志伟和voki pophristic,中心 迅速扩大。六名教职员工密切合作,建立新的 研究方向,用于基础设施升级安全附加校外资金 和学生的支持,提供对整个大学的计算能力 而在这两个在大学教学和研究课程整合计算。 该中心成为从usciences研究人员,其他大学的协作核 and institutes, as well as industrial R&D centers.

通过其成立20周年(2019),该中心已培养超过100个本科和 毕业的学生,​​并启用了一些新的计算方法的开发 这导致了新的药物,治疗和新颖的响应材料设计 对社会和健康需求。

联系:

导演,普雷斯顿·摩尔博士

地址:

办公地点:格里菲斯大厅,房间206
科学大学
600南43街
费城,宾夕法尼亚州19104-4495

电话:

215-596-8764

电子邮件:

p.moore@usciences.edu