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基于计算化学和药物设计的西方中心

西中心“ (要么 厕所3D2,对于简短)专注于将计算方法应用于化学和 生物问题,以及更强大的计算的发展 提高这些方法产生现实世界答案的能力的工具。

西方中心教师和研究活动

此时,西方中心教师由以下教师组成 该 Department of Chemistry & Biochemistry 和 医药科学系 谁有兴趣将计算方法应用于化学和/或 生物问题。有关每个教师的背景的更多详细信息 通过下面的链接提供研究活动。

各部门和大学的其他教师以及其他机构的教师, 通常利用西部中心的工具进行研究 通过与一个或多个西方中心教师的协助或通过合作。 与其他大学的教师合作正在进行中。学院感兴趣 未来合作的可能性,应联系西方中心董事, 博士。普雷斯顿摩尔。

有关更多信息,例如研究活动,最近的新闻和人们,请参阅 西中心网站.

西中心计算资源

高性能计算集群,具有尖端CPU和GPU处理器 高速互连提供了教师可用的主要计算能力 和西中心的学生。自西方中心成立以来,有 一直是电脑设施的几个主要升级,导致指数 1999年大约一百个处理器的计算能力的增长 CPU核心和GPU目前。这些升级是通过支持的支持实现 赫尔曼o。西基金会,国家科学基金会(MRI Grants),工业 partners, as well as the Department of Chemistry & Biochemistry. Currently, 该 West 中心有两个高性能计算集群,具有〜1,500个CPU处理器, Nvidia Tesla Fermi GPU,Infiniband互连,内存的TBS和超过200TB 存储空间,以及20-30个GPU工作站,具有最先进的GPU 作为nvidia gtx 2080ti。

西中心提供各种复杂的软件包,包括 但不限于:高斯,琥珀,VMD,NAMD,LAMMPS,CPMD,CP2K,MOE,N厕所HEM,HOOMD, Charmm,Modeller,以及内部开发的软件,如CM3D,网络模型, 形状签名,智能。这些软件包允许各种各样的计算 从复杂的生物系统等项目等等,如DNA蛋白结合,跨膜 离子通道,膜蛋白,小分子药物设计,计算机辅助设计 功能性折纸物,以及离子液体作为绿色溶剂的研究。

西中心历史

由于外围滚球在线的偶然组合,西方中心建立。 First, 博士。兰迪Zauhar. joined 该 Department of Chemistry & Biochemistry as an associate 1998年教授。兰迪首次带到该部门,专业知识 计算化学领域。他加入后不久,他收到了补助金 从黎尾聘请一个博士后的博士生,博士。 Guillermo Moyna,不仅是一个 优秀的合成有机化学家,但对计算也非常感兴趣 化学。为了促进他们的计算化学努力,Guillermo 将微处理器联系在一起,从四个旧的IBM个人计算机连接到构建 该部门的第一个“Beowulf”集群。

博士博物馆很快就在运行之后,博士。 Edward Birnbaum,椅子 该部门,了解了H.O的利益。西基金会支持研究 在大学里。随着新的beowulf聚集在他们的脑海里,并知道这一点 扩展集群将大大受益研究能力,兰迪,吉列 (在那点助理教授)和博士。 Birnbaum准备了建立的建议 Usciences的计算化学中心。 H.O.西基金会认可 该中心的潜力,并慷慨地支持其成立,首先以125,000美元, 然后两年后捐赠120,000美元。大学迅速实现了 西方中心的转型性质及新的计算方向。借 大学的额外支持,以及雇用另外四个计算 化学家博士。普雷斯顿摩尔,志金李,志伟刘和沃科夫,中心 迅速扩张。六名教师密切合作,建立新的 研究方向,为基础设施升级确保额外的营业资金 和学生支持,为整个大学提供计算能力 并集成大学教学和研究课程的计算。 该中心成为来自其他大学的USCIences的研究人员的合作核心 and institutes, as well as industrial R&D centers.

截至其20周年(2019年),该中心已接受过100多个本科和 研究生,并启用了许多新的计算方法的发展 这导致了新药,治疗剂和新材料的反应设计 社会和健康需求。

联系:

普雷斯顿摩尔博士,博士总监

地址:

办公地点:格里菲斯大厅206室
科学大学
600南43街
费城,PA 19104-4495

电话:

215-596-8764

电子邮件:

p.moore@usciences.edu.