西部中心计算化学和药物设计

在“西部中心“ (要么 厕所3D2,对于短)是专注于计算方法,以化学和应用 生物学问题,以及更强大的计算的发展 工具来改进这些方法来制作真实世界的答案的能力。

西中心的教师和研究活动

这时,中央西由来自教员以下教职工 该 Department of Chemistry & Biochemistry 和 医药科学系 谁感兴趣的的计算方法,以化学的应用和/或 生物学问题。关于更详细的信息,每个成员的背景教师 和研究活动,可通过下面的链接。

其他教师在部门和大学,以及教师来自其他机构, 通常利用的工具在西方供他们研究中心 随着,或由一个援助或更多的协作与教师的西部中心。 与其他大学合作的教师工作正在进行中。教师有兴趣 合作在未来的可能性,西方应该联络中心经理, 博士。普雷斯顿·摩尔。

有关详细信息,如研究活动,最近的新闻,和人一样,看到了 西中心网站.

东西方研究中心的计算资源

高性能计算集群设有尖端CPU和GPU的处理器 和高速互连提供可供教师主计算能力 和学生在西部中心。因为西部中心成立以来,先后有 几个主要的升级的指数导致去过的计算机设施 计算能力的增长从约一百处理器在1999年至数千 CPU核心和GPU的目前。这些升级是实现了从支持 赫尔曼O操作。西基金会,美国国家科学基金会(赠款MRI),工业 partners, as well as the Department of Chemistry & Biochemistry. Currently, 该 West 中心具有两个高性能计算集群设有〜1500个处理器的cpu, NVIDIA特斯拉费米的GPU,无限带宽互连,存储器TBS和超过200TB 的存储空间,以及20至30的GPU工作站设有国家的最先进的GPU这样 作为NVIDIA GTX 2080ti。

各种复杂的软件包在中心西侧包括可用 包括但不限于:高斯,琥珀,VMD,NAMD,LAMMPS,CPMD,CP2K,教育部,N厕所hem,HOOMD, CHARMM,建模,以及在内部开发的软件:如cm3d,网络模型, 塑造签名,智能。这些软件包允许各种各样的计算 从复杂的生物系统测距这样的DNA结合蛋白如,跨膜项目 离子通道,膜蛋白,小分子药物设计,计算机辅助设计 的官能foldamers,和离子液体作为绿色溶剂研究。

西方历史中心

西方中心成立,作为外围滚球在线的偶然结合的结果。 First, 博士。兰迪Žauhar joined 该 Department of Chemistry & Biochemistry as an associate 兰迪教授在1998年带来的部门在第一时间,在专业知识 计算化学领域。我加入后不久,我收到了补助金 从Tripos公司聘请的博士后,博士。吉列尔莫Moyna,他不仅是一个 优良的合成有机化学,但谁是非常在计算兴趣的话还 化学。为了方便他们的计算化学的努力,威廉 连在一起的四个老微处理器从IBM个人电脑到构建 该部门的第一个“贝奥武夫”集群。

很快ESTA Beowulf集群后,启动并运行,博士。爱德华·伯恩鲍姆的椅子 部门,了解到该H.O.的利益西基金会支持研究 在大学。随着新的Beowulf集群他们记忆忧新,并且知道 集群的扩大将大大受益的科研能力,好色,威廉 (在这一点上助理教授),和博士。伯恩鲍姆准备了提案建立 在usciences一个计算化学中心。该H.O.西基金会认可 该中心的潜力,并慷慨支持成立以来,以$ 125,000个第一, 其次是$ 120,000两年后捐赠。大学很快意识到 西方中心和我们新的计算方向转型的本质。同 从大学的额外支持,以及另外四个计算的招聘 化学家,DRS。普雷斯顿·摩尔,李志军,刘志伟和voki pophristic,中心 迅速扩大。六名教职员工密切合作,建立新的 研究方向,对于基础设施升级校外安全的额外资金 和学生的支持,为整个大学的计算能力 并在这两个在大学教学和研究课程整合计算。 该中心成为从usciences协作研究人员,其他大学核 and institutes, as well as industrial R&D centers.

通过其成立20周年(2019),该中心已培养超过100个本科和 毕业的学生,​​并启用了一些新的计算方法的开发 这导致了新的药物,治疗和新颖的响应材料设计 对社会和健康需求。

联系:

董事,普雷斯顿·摩尔博士

地址:

办公地点:格里菲斯大厅,房间206
科学大学
600南43街
费城,宾夕法尼亚州19104-4495

电话:

215-596-8764

电子邮件:

p.moore@usciences.edu